Desde 1995 hasta la actualidad, los trabajos en Clunia son llevados a cabo por un equipo dirigido por lo profesores Francesc Tuset y Miguel A. de la Iglesia, centrándose en la puesta en valor del yacimiento y en la restauración y excavación del teatro, introduciendo una visión pluridisciplinar en los trabajos realizados en el mismo, integrando protección, investigación y difusión. Concluido por parte de la Diputación Provincial de Burgos, la compra y vallado de todo el Yacimiento se realizan una serie de intervenciones cuyo objetivo es la dotación de infraestructuras para la investigación y la difusión cultural de Clunia, así como el desarrollo de las acciones encaminadas a la conservación del yacimiento. Todo ello como consecuencia de la redacción de un Plan Director encargado por la Junta de Castilla y León en 1994.
Exterior del aula de interpretación arqueológica.
Dentro de este conjunto de intervenciones cabe destacar la creación de una zona de investigación y difusión en el acceso al yacimiento donde se sitúa junto a la antigua residencia de investigadores, un laboratorio para estudio y clasificación de materiales arqueológicos y un Aula de Interpretación Arqueológica. Durante estos años la Diputación Provincial de Burgos ha realizado un esfuerzo importante tanto en la realización de las infraestructuras como en el apoyo a la investigación, contando con la colaboración de la Junta de Castilla y León y el Gobierno Central en diversas ocasiones.
Con la creación en 2009 del Consorcio Parque Arqueológico Ciudad Romana de Clunia, la Diputación Provincial de Burgos constituye un nuevo marco con objeto de abordar el futuro del yacimiento, incorporando a la gestión de Clunia a diferentes sectores de la sociedad.