Tanto en Coruña del Conde como en sus localidades vecinas existían diversos asentamientos celtíberos, más concretamente arévacos (paraje de El Castro en Arauzo de Torre, Alto del Cuerno y Alto de Castro en Peñalba de Castro). Existen dudas sobre en cuál de estos dos últimos emplazamientos se situaba la ciudad prerromana de Clunia que Livio cita como refugio de Sertorio ante el sitio de Pompeyo en el año 75 a. C. Pompeyo la ocupa en el 72 a. C. Finalmente, en el año 56 a. C. la ciudad participa de la alianza entre arévacos y vacceos por la independencia frente a Roma. Metelo sitia la ciudad tras conquistar Numancia y un año más tarde, en el 55 a. C., Afranio, legado de Pompeyo, somete definitivamente a arévacos y vacceos y romaniza el área. Los romanos mantendrán el nombre de Clunia, del cual deriva el del municipio, y desarrollarán su ciudad en el Alto de Castro, junto a la actual Peñalba de Castro.

La ciudad romana, capital de conventus iuridicum y a la que el emperador Galba rebautizó como Colonia Clunia Sulpicia, tuvo gran importancia en la romanización del norte de España y un destacado papel en la Historia. Se calcula que su población llegó a ser de unos 32.000 habitantes (consúltese el artículo Clunia para más información sobre esta etapa).

Tras la etapa romana, el pueblo visigodo ocupa el municipio. Se tienen pocas referencias de esta época, pero han quedado en el área restos como una necrópolis en el vecino Hinojar del Rey y las trazas de la ermita del Santo Cristo de San Sebastián.

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